Cục Kinh tế Bộ Quốc phòng có một số nhiệm vụ chính sau:
Chỉ đạo các loại hình sản xuất kinh tế của Quân đội gồm: Các khu kinh tế quốc phòng, các chương trình, mục tiêu quốc gia về xoá đói giảm nghèo do Quân đội đảm nhiệm, chỉ đạo hoạt động của các doanh nghiệp và các đơn vị thường trực tham gia hoạt động sản xuất kinh tế.
Nghiên cứu, vận dụng các chính sách, chế độ, quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế với các doanh nghiệp và các đơn vị sản xuất kinh tế trong Quân đội; tham gia xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật của Nhà nước và Bộ Quốc phòng liên quan đến công tác quản lý, chế độ chính sách, quy hoạch, kế hoạch sản xuất kinh tế của Quân đội.
Phối hợp với các cơ quan liên quan tổ chức thẩm định và trực tiếp quản lý các dự án đầu tư của Nhà nước, của các nguồn tài chính khác trong và ngoài nước cho các khu kinh tế quốc phòng, các chương trình mục tiêu quốc gia về xoá đói giảm nghèo, các hoạt động sản xuất kinh tế của các doanh nghệp trong Quân đội thuộc lĩnh vực kinh tế.
Quản lý, chỉ đạo xây dựng và thực hiện các kế hoạch sản xuất kinh tế dài hạn, trung hạn, ngắn hạn và hàng năm của các doanh nghiệp kinh tế quốc phòng, doanh nghiệp kinh tế, phần nhiệm vụ làm kinh tế của các doanh nghiệp quốc phòng. Các chương trình kinh tế xã hội tại các khu kinh tế quốc phòng, các kế hoạch xoá đói giảm nghèo và tổng hợp kết quả làm kinh tế trong Quân đội hàng năm.
Quản lý và chỉ đạo hoạt động kinh tế đối ngoại, xúc tiến thương mại của Quân đội, hỗ trợ các doanh nghiệp quân đội hội nhập kinh tế quốc tế.
Tham gia quản lý vốn và tài sản của các doanh nghiệp.
